在《奇异动物在那边》第一部的结尾，纽特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 演）协助美国魔法国会，将壮大的黑巫师盖勒特·格林德沃（约翰尼·德普 Johnny Depp 演）抓捕回案。由于格林德沃不久便兑现大言事业有成逃狱，并起头鸠集信徒，着手实现大家的险恶目标：让纯血统的巫师成为统治阶级，弹压一切非魔法生物。为挫败格林德沃的诡计，阿不思·邓布利多（裘德·洛 Jude Law 演）向旧日的同学纽特·斯卡曼德追求帮忙。纽特怅然承诺，却没成心识到，他将踏上的会是一段布满艰险的将来征途。此时的魔法宇宙面对空前的割裂乱局，阶级鸿沟日趋加深，爱和虔诚备受测试，至亲老友同时也许交恶构怨……